卫所，以及与军事有关的各项事务，是地方平时最高军事领导机构，各行都司分别隶属于中央的五军都督府，并在理论上听命于兵部。
好吧，说是理论上听命，其实兵部就是一个橡皮图章，只是重要命令需要兵部跟着用印而已。
而在具体划分和隶属关系上，都司有三种类型，分别是军政合一的都司、正常都司、行都司。
军政合一的都司有三个，辽东都司治所辽中卫、大宁都司治所大宁卫、万全都司治所宣府卫，这里面辽东都司和大宁都司不变，万全都司直接变成了宣府镇。
而行都司则是在陕西、山西、湖广、福建、四川五个布政使司的治所，增设行都指挥使司，加强控制。
除了这两种，剩下的就都是正常都司了。
明朝共置有二十一个都司和行都司，划归五个都督府管辖。
左军都督府管辖浙江都司、辽东都司、山东都司；右军都督府管辖陕西都司，陕西行都司、四川都司、四川行都司、广西都司、云南都司、贵州都司；前军都督府管辖湖广都司、湖广行都司、福建都司、福建行都司、江西都司、广东都司；后军都督府管辖大宁都司、万全都司、山西都司、山西行都司；而中军都督府则只管辖河南都司。
永乐元年微调了一下，增加了北京的留守行后军都督府，把原本后军都督府管辖的万全都司（宣府）划到了里面，然后又把北直隶整个划到了下面，京营成立，以及整个北京镇，肯定也归它管。
“军改以后，在地方上设立九边，在京师设立京营，而原有的指挥体系在原则上不进行大的变动，只进行局部调整。”
丘福最后阐述道：“也就是说，五军都督府加上留守行后军都督府，一共六个都督府，负责管理大明境内的所有二十一个都司和行都司，与此同时，九边里涉及到的相关军镇，小的如宣府镇，便是同时挂万全都司的牌子，大的如辽东镇、宁夏镇、甘肃镇，同时挂对应的都司牌子，而山西镇、陕西镇，则是依旧由山西都司和陕西都司管理。”
这样一说，就基本搞懂了，九边其实就是把一些都司单独拎出来，整备出了一条连绵不断的北部国防线，原有的“都督府-都司/行都司”的指挥结构还是不变的。
当然了，如果光从制度设计上看，单独弄出的九个军镇，对原有的都司体系肯定是有破坏的，所以九边轮班抽调卫进京营，就相当于一种补丁，避免地方军镇失控，又起到强干但不弱枝的效果，其实就是宋代禁军制度的改良
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