提起九头蛇，多数知情的人或许都会告诉你，那是一个孕育自德国纳（na）粹的邪恶组织。二战时期一个叫施密特的家伙创立了这个组织，给组织上上下下的成员们灌输了近乎邪教的信仰，并把“统治世界”当做了组织的终极目标......是的，又老土又中二的目标，在这个反派普遍越来越有个性的时代已经很少再有人把这种老掉牙的梦想当成终点了。
然而事实上，九头蛇最初其实并非是由施密特创立的。这个组织几千年前就已存在，他们最原始、最初的志向事实上也没后来整的那么远大。他们一开始的目的很简单——迎接地球上最早诞生的一个异人回归。
这部分故事就又不得不说到古代克里人来到地球做的那个实验了。当初为了给克里帝国的战争提供更多优秀的战（炮）士（灰），克里人在地球上进行过一系列基因调整的实验，并因此创造了异人这个种族。但为了方便管理，他们需要一个人类的代言，一个异人的统治者。
那就是历史上的第一个异人，被称作“蜂巢”。
对被统治者来说，蜂巢就是绝对的权威。他是至高无上的统治者，被相信为神的化身。他被赋予了让无论多强大的任何异人心甘情愿俯首称臣的天赋，以便于他替克里人实行统治。
可无论他看起来活得多么光鲜亮丽、风光无限，说到底他毕竟是克里人的代行者。就算说是个王，那也是个戴着枷锁给人打工的王。
直到驻守在地球的克里人发生了内讧。一系列的内部纠纷后，克里帝国最终决定终止异人实验，所有克里人全部撤出了地球。至此，一直压迫在蜂巢头顶的幕后老板终于转身走人，他总算能够咸鱼大翻身、当起真正货真价实的统治者了。
然而好景不长。
蜂巢长期坐在王位上的肆意妄为引起了强烈的反抗，一批侥幸逃脱他魔爪的异人联合起人类，想方设法把蜂巢放逐去了一个未知的外星球。
而那些希望他能回来继续统治领导的人，则创建了“九头蛇”这个组织的雏形。他们立志要将蜂巢从另一个星球带回来，他们储存着能打开通往外星传送门的石头，并且定期派人通过那道门试着把他们的领袖带回来，可几千年来进去人从未有一个出来过。
几千年后，九头蛇发展到今天，已经再没多少人知道这个起源故事了。而就算是那些知道的人也大多都再没把它当一回事。几千年的岁月实在太过久远，久到那位据说是九头蛇之神的远古统治者留下的威望和信仰都已被消磨殆尽。
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