蔡邕害怕无法幸免，于是逃命江海，远走吴会之地，往来依靠泰山羊氏，在吴地共待了十二年之久。
且说董卓听从李儒“以收人望”的建议，征召蔡邕入朝受命。蔡邕托病不至，董卓令人再次催召。蔡邕惧怕诛灭全族，不得已只好应命。
蔡邕一入朝，就被任命为代理祭酒，接着又被举为侍御史、治书侍御史、尚书，三天之内，遍历三台。又升任巴郡太守，留任侍中，一月之内官升三阶，很受董卓敬重。董卓联合司徒黄琬、司空杨彪一同携带鈇锧到朝堂上书，要求为建宁元年（一六六年）九月哗变被政治定性（诬陷）为叛贼的陈蕃、窦武以及次年“二次党锢”中被捕遇害的众多党人平反。刘协准奏，恢复陈蕃等人爵位，提拔其子孙为官。董卓做出亲近士人的姿态，征召名士如荀爽、韩融、陈纪等入朝为官，又选拔大量名士如韩馥、刘岱、孔伷、张咨、孔融、应劭、张邈等担任地方太守等要职，甚至不计前嫌，对厌恶自己而弃官而走的袁绍、王匡、鲍信等人授以太守，以示和解。
董卓一面擢升名望，沽名钓誉，收买人心；一面诛宫屠市，施展淫威，彰显军功。何太后、少帝及帝妃唐氏九月初一被困于永安宫，九月初三即被董卓以“怨望作诗”为借口，遣派武士将何太后抛撺楼下，绞死唐妃，鸩杀刘辩，葬尸城外。下葬时只允许献帝前往吊唁，公卿以下不允穿戴孝服，只是素衣而已。董卓趁何太后遗体下葬，开启文陵（汉灵帝陵墓）时，使人偷取其中珍宝。董卓还派人掘刨何苗棺木，肢解尸体，抛弃道边，又残杀何苗母亲舞阳君，弃尸于园林，不准收敛。
董卓残忍成性，酷刑立威。侍御史扰龙宗拜见董卓时忘了解除佩剑，董卓借题发挥，下令将其活活打死。董卓仗着军权威势，放纵士兵劫掠富户，搜刮财物，奸污妇女。二月阳城村民社赛，男女聚集一起。董卓命军士围困，将男性全部戮杀，千余颗人头悬挂车下；将妇女及掠取财物，装载车上，扬言平叛贼寇大胜而回。到城门外，焚烧人头，把妇女、财物分散给军士享用。大司农周忠儿子周晖听说阳城变故，赶往阳城，董卓非常厌恶，派兵将其劫杀。自此，董卓每夜入宫，奸污宫女，夜宿龙床，肆无忌惮。
董卓知道曹操雄才大略，想与他一起谋议朝政大事，以示爱才，表奏擢任曹操为骁骑校尉。曹操认为董卓骄横跋扈，残暴不仁，终久必败，遂不就拜。董卓非常生气，对李儒说：“孟德文韬武略皆非常人可比，不为我用，必当除之。否则后患无穷。”
李儒说：“曹操无妻小在京，
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