1939年9月1日，在德国入侵波兰的当天，山本被米内光政任命为海军联合舰队兼第一舰队司令官。有人说，正是因为赌徒的性格让山本对美国发动了对珍珠港的偷袭。
珍珠港之战后，山本五十六制订了一系列大胆的作战计划，在这些计划中包括了入侵印度或澳大利亚，这些浮夸的臆想很快就因陆军身陷中国战场、人手不足，也没有足够运力来调动部队的事实而遭否决。
直到瓜岛海战，瓜岛的半年，日本陆海军被美国人强迫大出血，数万陆军成了炮灰，更生要的是，海军失去了大量的军舰、舰载机、陆基机和优秀的飞行员，而这些是日本的工业能力和教育能力所无法弥补的。
眼睁睁地看着日军精锐的航空兵一点点消耗殆尽。山本清楚地意识到，这场仗，日本已经输了，他写了一篇相当于遗书的文字锁在抽屉里。
上面写着：“数万忠勇将士牺牲成神，吾有何面目去见圣上”，“吾欲表忠心之坚，可铤而走险，冲入敌阵。肝脑涂地，曝尸荒野”。
但为了维护日本的尊严，作为联合舰队司令长官的山本五十六不想承认失败，也不能承认失败，只能死中求活。
在山本看来唯一可行的方法是如果在美军大举进攻之前能够争取到巩固日军的防守阵势的时间的话，那么延缓美军进攻的速度还是有可能的，随着时间的流逝，天照大神还是有可能再次对日本微笑的。
为了挽回不利的局面，山本五十六决定再赌一次，决定发动“N号作战”。
“N号作战”经过山本五十六几个月的策划，山本决心在这次作战中夺回太平洋战争的主动权。
于是从1943年4月7日开始进行，参加的除了第三舰队的184架舰载机以外，还有第11航空舰队的88架零战，27架九九式舰爆和72架日本最新式的一式陆攻，4架侦察机等191架飞机，总共375架，开始了“N号作战”。
375架飞机，这已经是当时日本海军在所罗门方向能抽出来的舰载和陆基飞机的总和。
山本五十六不由有些唏嘘，仅仅一年多以前，袭击珍珠港时，光舰载机的数量就超过350架，中途岛海战时第一波攻击队就是108架，还有一百多架在待命，可这仗打了不到一年半，大日本海军越打越抽抽，就为了指挥这四百架不到飞机，山本五十六已经绞尽了脑汁。
此时的日本海军，只剩下了二百多架飞机，而且有经验的飞行“老鸟”基本已经消耗完毕，山本五十六
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