学生要穿“院服”，只是规定要穿颜色深的衣服。这样做的目的，是和一般的民众区别开来，让学生有士人的责任感和优越感。另外，书院还设专门针对学生的“请假簿”“讲簿”“德业簿”“食簿”“宿斋簿”。
其中，讲簿记录山长讲学的情况，德业簿登记学生的功课情况，食簿是用来领取钱米，宿斋簿则用来领取灯油和木炭。明道书院还规定，学生请假不得超过三个月;谒祠、听讲、供课三者都需要登记，缺席三次就“罢职、住
供”。这个住供，就是停止供给。古代的书院大都远离闹市，给学生的钱粮和伙食断供，这个惩罚可真是不小。
书院中的学生学些什么呢?即《大学》《论语》《孟子》《中庸》等儒家经典。学子每天的学习时间划分成起床后、早饭后、午后，晚上四段，每一段都有规定的学习任务。而且既有自学，也有讨论，还有老师解惑，还是很科学的。
为了检查学生的学习效果，书院还有考试制度，主要考查德行和学业两大方面。学业考试以南宋时期的延平书院为例，每个月有三次小考，考得好的，成绩一出来就有物质奖励，并且还会累积积分，累积到一定程度则升级，也与经济利益挂钩。
从书院诞生之初，饱含理想主义热情的读书人，就希望把书院经营成一方净土。然而，在与现实的碰撞中，他们最终不得不让步了。
实际上，从书院最为兴盛的大唐时期起，许多原先民办的书院，就逐渐被官方“收编”。这种收编，首先是从书院的经费着手。
书院的生存和发展，离不开经费。而书院经费的来源，多依赖于学田。书院兴起之初，私人筹措办院经费，主要也是靠私人的田产或别人捐赠的田产来供给。然而，仅仅靠捐赠，是不能满足书院需要的。
因此，当官府开始给书院划拨田产时，书院没有理由不接受。民办书院急剧缩减，越来越多的书院归到官府手中。
首先，以学生的自学为主。朱熹认为，学生只有具备了积极学习的能动性，掌握了自学的方法，才能取得良好的学习效果。书院大师讲学时，大抵是提纲挚领，由学生随其深浅自行体会，大师所讲，每次只选其一点着重发挥，决不逐意串，而是着重让学生自学，独立思考。
其次，注重启发诱导。书院教学工作中，教师主要围绕学术观点和学术著作展开教学，教师只充当指导者和领路者的角色。教学上多采用辩论的方式，着重提高学生思考能力，启发学生思维。书院教育提倡质疑问难，主张
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