黄色在木化石中分布均匀，里、外一致，与原始木质相关，只不过黄色木化石常见。
像是黄色的硅化木，还有另一种，由于Fe2O3的黄色矿物相的浸染作用，使木化石呈显黄色，这种黄色是不均一的，有浅深之分。
还有一种少见的是褐色的硅化木，这是受Fe2O3的褐色矿物相浸染，使木化石呈显褐色。
在木化石中整体呈褐色者少见，大多数呈斑块状、花斑状或一团团的分布。
最后就是绿色的硅化木，这是受CuC03浸染，使木化石呈显绿色。
孔雀石呈薄膜状附着于木化石表面及裂隙中，在木化石中常成片分布，也呈斑块状、花斑状出现。
硅化木的品种很多，分布也十分广泛，几乎我国哪个省份都能见到一些。
只不过，曾有报导一种“玛瑙木化石”，这在自然界是不存在的，在成因上大相径庭。
当结晶致密细腻的玉髓木化石，被后期氧化铁质浸染，有时氧化铁质浸染依附于年轮展布，外貌酷似玛瑙，将这种具有玉石质地的木化石，可称为“玛瑙状木化石”。
玛瑙状石英玉髓木化石有红色、褐红色、浅褐黄色、乳白色、墨黑色、灰色。
亦有几种颜色混合，或有规律分布。
由于硅化作用强烈，木质纤维细胞结构残存极少。
有的局部可见环状年轮、细胞的形貌，抛光后细腻光润，玉石感极强。
这些多由石英、玉髓矿物组成，但形似玛瑙而非玛瑙。
玛瑙在矿物、岩石学中，赋于特定的定义和形成机理。
玛瑙是一种分泌体，是在一定的空间中(多呈圆形)，自外向内生长结晶而成，结晶充填整个空腔。
分泌体的典型特征为，同心层状条带的色环。
系分泌作用过程中，SiO2凝胶在空穴中缓缓沉淀结晶而成。
有的在中心空腔的壁上，生长着石英晶簇。
在木化石中或与围岩接触部位，若存在一定的孔隙、空洞，也可形成局部的玛瑙结晶。
但从整个树干而言，它不具备玛瑙形成的地质环境。
玛瑙多产于火山岩的气孔中，沉积岩中硅质岩的空穴处，热液石英脉的石英晶簇的壁端。
在云、贵、川三省交界处，近五十万平方公里上，分布着二叠纪峨眉山玄武岩。
在一种气孔状玄武岩内，气孔中的充填物为各种颜色的玛瑙。
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