天文十五年，六月十日。一度横行于越中四郡的神保家在越后上杉家的打击下节节败退，再也没有了昔日的威风。
尽管神保长职当机立断，决定立即从鱼津城一带撤军返回自己的本据富山城，打算及时止损，尽可能的保存实力，以应对越后上杉家的侵攻。
但是为时已晚，上杉政虎在攻落天神山城之后，便令山本寺定长留守在天神山城、桃井义孝留守在境城、大熊朝秀留守在若栗城，以确保越后上杉军的退路和粮道通畅。
之后，政虎则是率七千余军势立即从天神山城出阵，奔赴新川郡中部，会同椎名康胤所部后一路趁胜追击，很快便在上市川一带追上了正在撤退中的神保军。
此时的神保长职正在率部渡过上市川，在半渡之际，上杉·椎名联军突然对神保军发起了猛攻，猝不及防的神保军再次大败，自相践踏，乱作一团，被上杉·椎名联军杀溺殆尽，光是溺毙于河中的就有上千人。
神保长职在面对上杉·椎名联军的追击，只能下令各部立即放弃所有的战马以及辎重，与上杉·椎名联军展开步斗，以及令寺崎行重、小谷六右卫门等家臣担任殿军断后，这才确保残余军势渡过上市川。
而神保长职也没有料到，自己与寺崎行重、小谷六右卫门等家臣于上市川分别之后竟然成为了永别。
寺崎行重、小谷六右卫门等人以殿军的五百军势朝着上杉·椎名联军发起了决死突击。虽然神保军一度击溃安田景元、福王寺孝重、椎名康胤等部军势，但是原先被击溃的安田景元、福王寺孝重等人在收拢败军后直接迂回到神保军殿军的侧翼并发起突袭，结果在上杉·椎名联军的两面夹击之下神保军殿军军势几乎全军覆没。随后，寺崎行重被安田景元所讨取、小谷六右卫门被福王寺孝重所讨取，殿军的神保军更是被讨取四百余人。
经过境川之战、上市川之战，神保家领内的青壮以及麾下有力武将几乎丧失殆尽，再也不具备与越后上杉家、椎名家争锋的能力。神保家的家臣们以及旗下国人领主和地头武士们皆意识到神保家已经是一艘即将覆灭的破船，谁都不愿意在这条破船上与神保长职一起送命，于是他们都不约而同的选择了向上杉·椎名联军投降，最先投降的便是东新川郡才臣服神保家不久的国人领主和地头武士们。
就在上市川一战过后，弓庄城城主土肥政良、堀江城城主土肥政忠、佛生寺城城主细川越中守等人纷纷向上杉·椎名联军投降。
上杉政虎本着只诛首恶的原则，对
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