畠山常重见根来寺主动服软，并意图向上杉将军家降服后，就将此事立即上报至上杉谦信所在的摄津四天王寺。
毕竟此事事关重大，畠山常重也深知自己不是上杉将军家的谱代家臣，就连纪尹守护的役职也是靠着八条景定的裙带关系才获封，自然是不敢擅作主张。
而此时的石山御坊外，早已是火光映天、喊杀声震耳欲聋。
正所谓城门失火，殃及池鱼。
由于本愿寺显如的举兵对抗上杉将军家，不可避免的连累了近畿诸国一向宗的其余寺院。在各地弹压一向一揆的上杉军诸将经常采取宁可错杀，也不能放过的策略，尤其是距离石山御坊较近的一向宗寺院。
上杉军诸将将一向宗寺院视为眼中钉肉中刺，不仅大肆掠夺这些一向宗寺院的钱粮，甚至还烧成了一片焦土。这就使得一向宗的信徒如树倒猢狲散一般，纷纷逃离一向宗寺院的寺内町。
仅仅不到半个月的时间，摄津一国境内的教行寺、枚方寺（顺兴寺）、招提寺（敬应寺）、愿得寺、光善寺、善龙寺等诸多一向宗寺院就只剩下了残垣断壁与几大堆的灰尽。其中，教行寺住持教行寺左荣在率数名僧兵意图逃入石山御坊继续抵抗，但在途中被上杉景信所部武士擒获，之后就被押至京都六条河畔斩首示众。
不仅如此，河内一国境内的显证寺（善念寺）、兴正寺等一向宗寺院也在身兼河内、和泉两国守护的今川氏定的命令下尽数捣毁，一座不留。
因石山御坊被宽阔的护城河所包围着，再加上城墙也相当坚固。同时，石山御坊里还有不下于五千挺铁炮用于防御。
为了减少己方的伤亡，上杉谦信、上杉氏虎二人只好下令在石山御坊周边的守口、野江、木津、楼之岸、难波、岛野、四天王寺、茶臼山、远里小野、天保山、平野、大塚、生玉、野田等地设置了五十一座大大小小的支城兵砦，将石山御坊彻底孤立围困起来，断绝了石山御坊的一切军粮来源，意图以持久战消耗一向一揆军。
此次追随上杉谦信、上杉氏虎二人一同出阵的新发田重家（作为其兄新发田长敦的名代出阵）倒是想到了一个计策，便趁着深夜大雾弥漫之际，在石山御坊周边的安治川上放了无数的门板和竹排，在上面点燃了灯烛，并让麾下足轻向着石山御坊方向用铁炮朝天鸣枪，让门板和竹排顺流而下。
守卫石山御坊外围寺内町的松井外记、中村将监、上原织部、栗津源六、富岛赖母等代官不知是计，还以为是上杉军意图趁夜渡河
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