那么，在第一部中，雨忍村派了两波人（一波被鸣人小队打败，一波被我爱罗小队捏死）来前来参加中忍考试的时候，其实已经是佩恩统治的雨忍村了
这就是第一部与第二部格局冲突的地方，俗称吃设定，如果硬要强行解释的话，就是作为头领的佩恩在制造“半藏还是头领的假象”，借用了雨忍村的封闭性使外界无法深入探查，蒙骗了木叶等国，为晓组织的发展与行动争取了时间
在这期间，长门的晓组织极可能与面具男控制下的第四代水影矢仓的雾隐进行合作，作为大国水之国的武装力量雾隐村给晓组织提供了很大的支持
而晓组织，也从一群维护和平的有志之士变成了参与战争屠戮他人的雇佣兵
对于村内，佩恩也对手下施加了强力的幻术屏障，防止自己的秘密外泄
在自来也潜入之后，佩恩也初步展现了他们的实力
对战自来也
首先要确认的一件事就是，作为村子的领导者，消灭一个（未经允许）潜入自己村子的别国忍者，这是合情合理的
不过潜入者是对自己有养育之恩的老师自来也，佩恩一开始就下此杀手，总归是不光彩的，最多说是维护了火影的弑师传统
并且对于此时已经背弃曾经信念的长门而言，自来也更像是令他背负这么多痛苦的根源所在，在长门看来，就是因为听信了自来也的教诲，他们才天真的相信了山椒鱼半藏，弥彦才因此而死
在长门看来，自来也那条通过相互理解创造和平的道路是错的，而自己这条通过制造痛苦和憎恨来创造短暂的和平的道路才是正确的
也是在两人的交流之后，自来也也下定决心清理门户
其实在与自来也的对战中，长门是有一点托大的，通过最开始仅出动畜牲道（风魔版）的打算将自来也斩杀在此，到自来也发动仙人模式（两大仙人加成版），畜牲道的优势削弱
长门也不得不使用畜牲道召唤出饿鬼道与人间道配合作战，并且一度对自来也造成了碾压之势
利用畜牲道的防御，饿鬼道的吸收忍术（查克拉）以及视野共享，身为忍者的自来也几乎没有应对的办法
在一番对决之后，自来也打算以退为进，并利用幻术等方法逐个击破，成功“杀死”了三个佩恩
但是于此同时，自来也的行为也非常大意（刚刚教训完长门应对敌人不能大意），他简单的认为战斗已经结束了，结果被突然出现的修罗道扭断了左臂
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