最终，他还是决定先从基本建设开始。在西南方向修筑一个码头。平整驳岸，修筑了一条栈桥，一直延伸到水深超过2.5米的海域。确保海军和大波航运公司的大中型船只能够不驳载即可直接装卸作业。码头本身有一座三层的棱堡保卫。在棱堡周围，是一个小型的设防住宅区。鹿文渊在这里安置三十户百姓，主要是原先岛上的渔民。
这些人就是他的“海军”，保卫码头，在龙口湾中巡逻，少不了还得打鱼来改善下伙食。
至于鹿文渊本人的总部，设在屺姆岛的山上，在山顶上，先修筑了一个瞭望塔，用于监视全岛和附近海域，也作为以后指引船队进入港口用的灯塔。
岛上水源贫乏，水源地全在山地。农庄的选址就在一处水源地之上。
不仅直接控制水源地，还在周围修筑了集水池和渠道，将山地的水源集中到集水池内储存。多余的水通过渠道再排到山下，暂时可以用作农业用水。
农庄本身的规模并不大――屺姆岛回旋面积小，水源匮乏。长远看并非一个合适的基地，在计划表上只是为了配合登州行动而修筑的中转基地。但是设防农庄本身修筑的非常坚固，里面将囤积大量的救济口粮和衣被、卫生用品。
农庄内有集水池、大型仓库、指挥部和居民住宅区。另有可供一个连队使用的标准营房。除了一道有女墙垛口的砖石围墙保护之外，还有六座小型双层凸角堡拱卫。按计划，每座凸角堡上将安一门火炮。
山地之外的土地稍事平整，海潮线以上的用来种植芦粟，等孔有德事发就拿来搭帐篷、席棚，一个难民营地顷刻可成。作为一种测试，也为了解决修建基地的劳工们的住所问题，他先搭建了十栋简陋的木结构框架，芦席顶棚和墙壁的“长屋”。每个屋子可以容纳100人。
另外还有若干厨房、厕所之类的配套建筑，运行下来，认为基本可以满足需求。
不过，这种席棚的保温性能很差，也不坚固。夏季勉强还行，到了冬季，不给难民足够的冬衣和御寒设备的话，恐怕就完全是象征性的了。
但是要更多更好的设施，就又牵扯到从香港调运物资的问题。鹿文渊知道现在大部分的运力都在向新开不久的台湾基地运输物资，要给屺姆岛这个小小的前进基地专程来运送物资恐怕是不可能的。
修筑屺姆岛基地的建材几乎全部是从本地解决的，工匠也是从当地雇佣的。多亏通过耶稣会的关系搭上了山东的天主教会，有孙元化等各级教友的照拂，鹿文渊
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