林魁首，钱谦益自然受到魏忠贤为首的阉党的排挤。同年，受御史崔呈秀和陈以瑞的弹劾，钱谦益被革职回乡。
崇祯元年魏忠贤倒台，钱谦益再度复出任詹事、礼部侍郎。此时正当推举阁臣的时候，钱谦益考虑如果礼部尚书温体仁、礼部侍郎周延儒并推入阁，则名在己上，故阴谋阻止，遂派门人、礼部给事中瞿式耜进言主推者抛弃温体仁和周延儒，以成基命及钱谦益等11人面上。
这件事让钱谦益与温体仁、周延儒结怨。钱谦益主考浙江时，考生钱千秋科考作弊，将「一朝平步上青云」写在每段话的末尾作为暗号，与考场官员金保元、徐时敏勾结，事发后钱谦益受牵连被罚俸。此时，温体仁、周延儒趁机追论钱谦益受贿。崇祯帝在文华殿亲自召见对质，钱谦益引咎撤职，坐杖罚。
崇祯十年，受温体仁指使，常熟人张汉儒诬告钱谦益贪肆不法，巡抚张国维、巡按路振飞上书为其鸣冤，钱谦益曾为太监王安写过碑文，为司礼太监曹化淳所知，故求救于曹化淳，刑毙张汉儒，且告发温体仁，温体仁称病辞职，钱谦益削籍归乡。
这时候的钱谦益已经五十七岁，二十多年的宦海沉浮早就让他看透了官场，所以这次被免官回乡让他彻底死了当官的心思，一门心思在家研究学问，期间开门讲课，收了很多人当学生，陈名夏、陈子龙、夏允彝等复社青年学子就是这时候拜入他门下。
钱谦益不想当官，可是官位却找上了他，崇祯十七年三月皇帝在北*京上吊殉国，消息传到南京，留守南京的史可法马上找到居家的钱谦益，研究推选下一任皇帝事宜。
听到这个消息钱谦益那颗不甘寂寞的老心脏又开始跳动，他联合姜曰广等人推荐潞王登基，道理很简单，福王的老子当年就因为东林党人的搅和没当上皇帝，现在他儿子当了皇帝，能有东林党的好吗？其他诸人都深以为然，开始准备推荐潞王登基。
可是这帮读书人不知道后世太祖名言，枪杆子才能出政权！马士英联合江北四镇推荐福王朱由崧，钱谦益等人在绝对实力面前完全没有还手之力，没办法只能接受这个结果。
这时候马士英还是想与东林党合作的，同时新上台的弘光皇帝已经发布诏书，将所有当年因为国本之争受处分官员***，同时还将朱棣靖难之役中被处死的方孝孺等人***，还给失踪的建文帝朱允炆上了庙号，算是正式官方认证朱允炆是大明合法的皇帝。
皇帝与马士英已经做出了让步，甚至连祖宗朱棣都拉出来啪啪打脸，如果作为
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