三法司的奏折中写道，熊廷弼比之杨镐更多一逃，比之袁应泰反欠一死。事后又不听从朝廷命令进行反攻，拖延战机消极对战罪加一等，若厚诛化贞，而廷弼少及于宽，不唯无以服天下万世之心，恐无以服杨镐、袁应泰之心矣……。
不过三法司虽然已有定论，但这个上奏天启皇帝只是同意了三法司的结论，却没有马上宣布行刑。
这主要的原因有几点。
第一是天启皇帝虽然痛恨熊廷弼，当初起复熊廷弼的时候天启皇帝是对他寄予厚望的，不仅亲自召见了熊廷弼，和他单独谈了话，还在他离京的时候设宴相送，更从京营拨了5000军队给熊廷弼让他指挥。
从这点来说，天启皇帝对熊廷弼的厚待和期望可想而知，既然如此你作为臣子就应该报效皇恩，哪怕死在战场上也是应该的。
可你熊廷弼又是怎么做的呢？就因为和王化贞闹矛盾，和小孩子一样赌气，至国家大事不顾，不仅轻易把山海关以东的地盘拱手让给了后金建奴，后来天启皇帝几次三番催促熊廷弼给他将功补过机会，让他尽快出兵夺回失地，你却找各种理由推辞，死活不干，面对这样的情况，天启皇帝心里如何不恼？
当初有多重视和信任，现在就有多生气和愤怒，别说是天启皇帝了，哪怕是普通人也是这样的反应。可就算这样，天启皇帝心里还没有直接处死熊廷弼的想法，下个旨让人砍掉熊廷弼的脑袋很容易，可脑袋掉了再按回去却是不可能的。
天启皇帝知道熊廷弼虽有这样那样的毛病，性格也有缺陷，可不管怎么说，熊廷弼依旧是大明难得的人才，尤其在辽东军事上，大明能和熊廷弼相比的人目前根本没有，再加上他在军事上的卓越才能和眼光，就这么直接杀掉未免有些可惜了。
既然三法司已有定论，决定判处熊廷弼死刑，天启皇帝心中一口气也就出了。马上杀掉就没这个必要了，先关起来再说，说不定日后可能还有用。
不仅天启没有马上杀掉熊廷弼，就连之前萨尔浒之战的罪魁祸首杨镐也没杀，这位已经被关了好几年的罪人这一次借着辽东战事同样也一起顺手判了死刑，和熊廷弼一样暂时没执行，都关在牢里养着呢。
至于第二点，就是党争的原因。天启皇帝很清楚自己在朝堂的对手是谁，东林党势大，他不得不防。
熊廷弼不是东林党一派，要说派别他勉强算得上是楚党，可实际上他又不属于楚党的中坚，这一次楚党也没因为熊廷弼的问题直接和东林党争论，反而摆
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