孙元化之所以能被袁崇焕重视，并且亲自向崇祯皇帝讨要此人根本原因是孙元化在火器上的本事。
袁崇焕心里很清楚，以辽东明军的军力要和八旗交战野战是不成的，唯一能有优势的就是防守。而在防守之中，火器的运用最为重要，作为火器专家的孙元化是他目前能找到最合适的人选了，而且孙元化和自己共过事，他们之间的关系也算不错，这才会把想办法把孙元化弄来辽东。
孙元化来辽东之前是带着信心和抱负来的，毕竟他对袁崇焕的感官不错，而且袁崇焕在崇祯皇帝面前五年平辽的事他也听说过，等到袁崇焕正式成为蓟辽督师后，在孙元化的心中更对袁崇焕抱有极大期望。
孙元化觉得能够在这样一个人手下干是件好事，平辽不仅是国家大事，更能在辽东战场上发挥自己的作用，作为火器专家的他更期待自己能在辽东战场上通过火器给与建奴最大的杀伤，等到平定辽东那天，他作为袁崇焕的部下，说不定还能名垂青史呢。
可到了辽东后没多久，孙元化就有些后悔来辽东了。先是在宁远呆了几日就突然听说了毛文龙被袁崇焕杀了的消息，当听到这个消息时孙元化简直不敢相信自己的耳朵，他还以为是玩笑呢，可谁有这么大的胆子开这样的玩笑？
等确定是真事时，孙元化当场就傻眼了，和其他人相比孙元化没有半点高兴的想法，作为曾经的兵部主事，孙元化怎么会不知道毛文龙在辽东的重要性呢？而且孙元化还是不折不扣的文官，他和那些丘八们不一样，作为正统文官出身的他当然明白袁崇焕这样做的违法性。
堂堂正一品大将，在没有皇帝圣旨，也没经过三法司审判下，直接动用尚方宝剑，用那些根本没有实据的罪名斩杀，这实在是太离谱了。
这种事可以说是闻所未闻，就连当初魏忠贤权势滔天的时候也没这么干过啊，可偏偏袁崇焕就这么干了。
等袁崇焕回到宁远的时候，孙元化就直接质问袁崇焕为何要这么干，为什么一定要杀毛文龙。虽然袁崇焕给出了一些理由，事后崇祯皇帝也替袁崇焕遮掩一二，最终这件事不了了之，可在孙元化的心中，他依旧认为毛文龙不应该杀，就此对袁崇焕有了不同以往的看法。
而现在袁崇焕又卖掉了辽东大批军粮，这些军粮明面上是给蒙古人，可实际上却落到了建奴手里。更让人无法理解的是袁崇焕对赵率教的打压和排挤，这哪里是为国为民的君子所做的事？在孙元化看来，袁崇焕的这些作为完全背离了初衷，现在的袁崇焕已经不
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