江南的案子还在继续，钱谦益和张锡钧等人在江南发动后把诸多人等一网打尽，再加上京师的动作，此案已成了轰动天下的永明第一案。
随着案情的内幕逐步传播，大明上下对东林党的看法瞬间有了巨大的改变，谁都无法相信向来号称清流，口口声声为国为民的东林党居然做出这样的事来，勾结外敌，出卖国家，贪污腐化，私开矿产，甚至还挪用了国库盗卖粮食，侵吞地方军库出售军械、火器给建奴，此举简直令人无法想象。
瞬间，东林党的口碑一下子崩坏，虽说动手抓人的人中就有不少东林党的官员，可这依旧无法避免所有人对东林党看法的巨大转变。再加上许多其他各党的官员在此案中推波助澜，虽然他们意图直接介入此案，想借这案子彻底把东林党打得无法翻身却被朱慎锥给拦了下来，可私下的小动作却依旧不少。
自那天朝会后，朱慎锥包括内阁、三法司各部就不断收到揭发东林党罪行的举报，虽然大部分举报都是捕风捉影，可也有不少是真实的，这些举报如同雪片一般飞来，大有把东林党彻底铲除的架势，这使得以孙承宗为首的东林党人心中惶惶不安。
不过朱慎锥对此特意私下召见了他们，对他们进行了安抚。并明确告诉他们东林党只是学派而非真正的实党，既然是学派那么其中之人自然有好有坏。
某些人的罪行不能代表所有人都有问题，这件事这要分开来看，而且作为皇帝的朱慎锥不认为所有东林党都是乱臣贼子，更全是那种的小人，要不然他也不会用孙承宗、钱谦益等东林党人来处置此案了，这已表明了自己的态度。
当然，现在东林党名气臭了也是事实，这关键在于东林党的自身。东林党这些年没有自省，为扩大影响力对于内部的成员更没进行删别，这才使得其中鱼龙混杂，一颗老鼠屎坏了一锅汤。
朱慎锥告诉他们不用对此太过在意，谁的问题就是谁的，朝廷不会牵连到他人。大明从来不搞株连的事，让他们安心办差，以实际行动来证明自己对大明的忠诚，只要做到这点，他这个皇帝自然会帮他们做主。
朱慎锥明确的态度让孙承宗等人心中大定，至少表示皇帝没有对此案扩大化的想法。当然朱慎锥在表态的同时也提出了他的要求，要求有三点，第一点是希望他们这些东林党的中坚能为朝廷稳定住南方，改变之前南方的局面，使得中枢的力量能彻底控制南方各地。
第二点，大明的相应政策如今在北方实施的不错，等南方稳定下来后这些政策应当逐步
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