兵和组建工作，以大中军五五编制的老习惯，新编近卫第三师下辖五个满编战兵营（步兵营），同时按照肖天健的旨意，又为其编入了一个两千人规模的加强骑兵营，另外加上一个师属重炮营和一个满编辎重营以及一个工兵营，使得新编近卫第三师的兵力达到了一万人左右的规模。
而这些新兵兵员的来源，则以顺天府以及永平府等地的当地民众为主，却并没有收编多少投降的三大营的官兵，原因无他，这个时候的明军官兵可以说已经是烂透了，虽然降兵之中也不乏一些精壮之士，但是这些人也都早已变成了老兵痞子，身上带了太多的明军之中的旧习，再想改变他们，就相当不容易了，一旦将这些兵痞子编入军中之后，非但不利于提高战斗力，相反还会起到很大的副作用。
所以在肖天健的旨意下，这些大明降兵，多被就地遣散打乱安置，令其到各地务农为生，每个人在遣散的时候，还发给了二十两遣散费和一定量的粮食，省的他们没钱吃饭，遣散之后又落草为寇，为祸一方。
至于新编第三师的都统，在诸将的提议之下，肖天健将原本在刘耀本手下当副都统的李定国提拔了起来，充任了近卫第三师的都统，其余的军官也都是从诸军之中拔擢起来的大中军的老部下，其中以讲武堂学员出身的军官为主，撑起了近卫第三师的骨架。
虽然从组建开始，新编近卫第三师组建的时间很短，但是有这帮干将充作骨干，第三师很快便投入到了紧张的操练之中，短短两个月时间，便基本上结束了大中军新兵训练的科目，初步拥有了一定的战斗力，估计最多一年时间这支兵马在这些军官们的操练下，肯定也能成为一支凶悍的军队，战斗力会相当可观的。
至于镇守山海关的那两万多吴襄麾下的明军旧部，则在肖天健的指令之下，被改编为了大中军山海关守备师，归到了北方战区的序列之中，暂时继续留镇山海关，但是要求北方战区对其进行一次大规模的整编和重新训练，增强山海关守备师的战斗力，使之在半年之内，成为一支真正能堪大用的兵马。
但是肖天健却将彦书亭派至了山海关，充当了吴襄的副手，另外又从各部之中抽调了二百军官，以及刚刚在讲武堂结业的五百讲武堂学员也派至了山海关，充入到了这支兵马之中，以他们重新构成了这支守备师的基层军官和高层军官的骨架。
原来吴襄麾下的两万多官军，也就地整编，裁撤掉了其中一批不符合大中军要求的官兵，但是对这批官兵，毕竟他们都参与了这一次山海关大战，所以
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