军器卫是在原属军政卫的军工和武库等部门基础上升级而来的，下设造炮司、造铳司、造船司、武库司和采买司等四个司。
前面三个是分管官办兵工厂和造船厂的，其实就是管理一些官办国营的手工工场。不过这些工场并不是用来进行大规模生产的，而是用来培养工匠和武器试制的。花高价从濠澳、佛山、石井、安平请来了经验丰富的老师傅，让他们带着朱慈烺的“义从工匠”和少年学徒打造火炮、火铳和船只。产品主要是仿造洋枪、洋炮和洋船。朱慈烺有时候也会拿出一些“异想天开”的设计让他们去打造。
另外，朱慈烺还让十大皇商选派了管事参与这些官办工场的经营管理——目的是让他们熟悉兵工厂、造船厂的运作。以便将来扶植皇商们开办商营的兵工厂和造船厂！
没错，朱慈烺的军工路线就是保持官营，发展商营，鼓励竞争。说得简单一点，就是走万恶的资本主义路线！
路线当然是坏的，但是也没办法。这年头连蒸汽机都没发明，也就不存在什么大工业了。哪怕是西洋英吉利国的军工，也是一个个手工作坊。因为没有机器工业，都是手工活儿，需要认真负责的工场主亲自把关品控。所以数量众多的私营工场互相竞争，就是保持效率和品质的方法之一。
仅仅是之一，还有一个办法也能保持质量，那就是严刑峻法！用赫连勃勃打造统万城和大夏龙雀刀的办法整治工匠......可问题是，朱慈烺上哪儿找那么多挨刀的良匠？
大明的官办手工业早垮台了，匠户制也名存实亡，而且朱慈烺还准备彻底废除这种给老百姓规定职业的户籍制度。现在掌握在朱慈烺手中的匠人，不过就是从天津跟随来的“义从工匠”，他们的手艺都挺糟糕的，杀光了也没办法打造出质量上乘的枪炮。
而手艺高明的铁匠，现在不在广东就在福建，而且都是私匠，没有官匠。所以朱慈烺就只能在军器卫下设立了采买司，负责兵器的采买和验收了......
在将军工生产、采买和武库管理等职能划入军器卫的同时，朱慈烺还将军政卫余下的部门，全部并入了隶属内阁的兵部。
这可不是要扩大文官的职权，而是对内阁的又一次改革，目的是打通军政两方面的联系，并且理清军政职权，让内阁可以在一定程度上参与军务，同时也打开军官进入内阁从政的通道。
因为在军政卫的部分机构并入兵部的同时，原任军政卫指挥使吴襄也进入了兵部，出任兵部尚书！而且原属军政卫的军屯、军
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