决定，将传教士们分成两批，由汤若望带一批人，随商毅一起南下，在南方重新开避传教的新局面。而龙华民带着另一批人继续留在北京，听天由命。
原来商毅和亚莉桑德拉离开了教堂之后，龙华民、汤若望马上招集了几位主要的传教士，一齐商议对策。众人也确实都对清军充满了戒心，也都赞同到中国的南方去打开局面。因为在阿科尼亚的信中，也提到过，由于有商毅的支持，现在天主教在南方、由其是东南沿海一带的发展势头很好，但也提出人手不足，难以有进一步扩大发展，因此趁这个机会，依靠商毅的力量，扩大天主教在南方发展，也是一件好事。
但也有传教士觉得，向南发展是一件好事，但也不能放弃在北京的基础，毕竟这也是天主教花了几十年的时间，才发展到今天的基础，那能说放弃就放弃呢？虽然清朝和明朝是仇敌，但传教士却都是外国人，李自成进京之后，也没把天主教会怎么样，相信清军进了北京之后，也不会过于为难教会，假如清朝禁止天主教在北京落动，驱逐传教士，再离开北京也不迟。
因此最后龙华民才做出这样的决定。而之所以决定是龙华民留守北京，汤若望南下，这是因为龙华民是天教教会中国教会的会长，北京又是中国教会的总部，自然是由龙华民留下，而另一方面，在传教方式上，汤若望与阿科尼亚的观点比较相似，而且从个人交情上说，商毅明显对汤若望的印像更好一些，由汤若望南下，也容易将阿科尼亚前期开创的局面继续扩大，毕竟龙华民也不希望再弄出第二次南京教案来。
对于天主教会的决定，商毅也比效满意，他也估计到这帮洋和尚舍不得放弃北京，很难把他们一锅全端，但派汤若望随自己一起南下，也是一个不错的结果，因为老汤是窦利玛提出用科学技术征服中国人的传教方案的支持及实践者，而龙华民对这种方式是持反对意见的人，而相对来说龙华民也比较固执，不够变通，把他留在北京，对清朝的帮助不会很大。
于是商毅也对汤若望南下表示了欢迎，同时也请他和要南下的传教士准备，二十四日一早出发。
而经过了二天的准备，还招集到了四五千余名各种工匠，再加上他们的家属，共计也有一万四五千人，其中有人是愿意跟商家军一起南下，也有人是被强迫的。但不管愿意不愿意，反正就是他们了。同时所有要运走的金银和铜炮也都装好了车。
就在四月二十二曰一早，商毅命四团、新团、骑兵营、雇佣兵营保护着车队，先行出发，赶向天津卫。整个
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