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隋唐两代，南京受到北方刻意贬抑，但地理上的优势使这一地区的经济、文化不断发展强大。 李白、 刘禹锡、 杜牧、 李商隐等诗人都在这里生活、游览过。
唐亡后， 南唐定都金陵，并扩建城邑。北方中国战火不断，而自杨吴始，70多年境内没有发生大的战争。 秦淮河两岸集市云集，经济繁荣伴随着文化的发达，诗词、书画都开一代之风。
宋元时期的金陵是东南地区的经济重镇，北宋政治家 王安石曾3次以宰相之位担任江宁知府，并定居、终老在此。1129年，宋高宗赵构改江宁府为 建康府，作为行都，为江南东路首府。绍兴八年定建康为 留都。南宋名将岳飞曾在南京 牛首山一带大败金兵，并有 抗金故垒遗存。
元代时改为 集庆路，城内设有东、西织染局，组织丝织品大量生产，专业工匠有6000多户， 南京云锦成为元代皇家御用品，南京成为江南地区纺织业中心。
1356年， 朱元璋攻占集庆，改为 应天府。1368年建立明朝，以南京为京师，南京成为中国的政治、经济、文化中心，迎来历史上的第二次高峰。明初京师总人口约70万人，是当时中国规模最大、人口最多的城市，也是全世界最大的城市，修造历时达27年的 南京明城墙，是 世界第一大城垣。鸡笼山麓的 国子监学生多达近万人，还有日本、朝鲜、安南、琉球等国的留学生在此学习。
1402年，朱棣发动 靖难之役夺 建文帝帝位，攻占南京后称帝，改元 永乐。1421年，朱棣正式迁都北京，将南京改为留都，设 南京六部等机构，行使双京制， 应天府（南京）和顺天府（北京），合称二京府。1430年， 郑和从南京 龙江关（今 下关）启航，率领二万七千余官兵，驾驶宝船61艘，开始第七次远航。
明代中叶，南京城人口达120万，成为当时世界上最大的 首都。万历年间，西方传教士 利玛窦游历中国后，在《利玛窦评传》中写到：“目睹南京这座大城，未免眼花缭乱……明代的南京城极其雄伟壮观，堪与十九世纪的欧洲任何最大的首都相比拟。本朝开国皇帝洪武把它造成奇迹，东方所能见到的一切都无法望其项背。” 终明一朝，南京一直是南方乃至全国的政治、经济、文化中心。……”
“好了，剩下的我都知道了，我们大概还有多久能到地球？”被称作大人的人问道。
“回墨江大人，如果顺利的话，母舰大概会在地球历2
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