死伤，奇怪不解的主要是出现广泛的神秘脱衣现象、“死、伤者皆裸体”，及许多衣服被刮到西山，挂在树上，落在昌平州教场的衣服成堆。王恭厂大爆炸与印度“死丘”事件、1908年6月30日俄罗斯西伯利亚通古斯大爆炸并称为世界三大自然灾难之谜。
地震出版社图书《王恭厂大爆炸》第一部分“王恭厂灾史料辑录”的“灾前后异常现象”摘录很多谈什么灾前多处火神庙火球滚出、火神像自己移动。这种迷信说法不科学。
现代学者们的新论多。有人认为是地震引起的，有人说是**自爆、也有人认为陨星坠落，认为隐火山热核强爆有之，认为是由地震、**及可燃气体静电爆炸同时作用亦有之，更有甚者，认为是外星人入侵、UFO降临等。但每一个观点都没有摆出无可辩驳的证据，使人完全信服。有以下四种说法：
地震说——
北京地区历来地震频繁，仅明代就大小震百余起。天启六年五月初六灾变虽官方未明确为地震，但灾变前后种种迹象与地震前后现象有许多相符之处。且史书文献中与地震有关的记载也很多，如：“大震一声”、“余震”、“震撼天地”、“时息地震”、“震后”故可推断，这场王恭厂灾变，是因地震直接促发**库而引起的。
若此推断成立，那么这次地震具有裂度大而震区面小的特点，比如震灾中心（宣武门内大街以西，刑部街以南）破坏力几乎达到摧毁性程度；然而在离震灾中心较近的建筑真如寺、承恩寺等均未受到多大破坏，这种情况是举世未见的；再者蘑菇状烟云，也不是地震出现的现象；又如“不论男女，尽皆裸体”，“寸丝不挂”，“褫衣物”的现象，也非地震的后果；至于灾变中产生的巨大冲击波，在地震史上恐怕也少有先例。
龙卷风说——
龙卷风具有突发性和毁灭性的特点。天启六年五月初六的王恭厂灾变，就其灾害范围看，似为龙卷风所致。“东到顺城门大街，北至刑部街，长三四里，周围十三里，尽为齑粉。”而龙卷风袭击范围往往在受害区百米之外很平静，就是受灾区与非灾区界限分明，而地震就不明显。至于石驸马街大石狮飞出宣武门外，史实确有记载，并且王恭厂之北的数千斤重物———石狮子被甩到南城墙外，然而并未见城墙塌陷。
将石狮子远抛，这是龙卷风的巨力。王恭厂灾变若龙卷风所致，龙卷风常是突然爆发，可是这次灾变前伴随着许多地震前后的征象：从西南方，有声如雷；鸡犬皆惊，振物有声；初九（变后3日）
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