开通了九条山脉的道路后，大禹又马不停蹄地投入到九条河流的疏通工作中。
他首先来到弱水河畔，弱水河道狭窄，水流湍急，下游经常被泥沙堵塞。大禹带领民众，挖掘河道，拓宽河床，使弱水顺利流到合黎山，下游流进沙漠，不再泛滥成灾。
接着，大禹来到黑水流域，黑水河道弯曲，水流不畅，经常淹没周边的土地。大禹亲自勘察地形，制定了疏通方案。他带领民众，清除河道中的障碍物，开凿新的河道，使黑水顺利流到三危山，流入南海，为当地的百姓带来了安宁。
从积石山开始，大禹对黄河进行了全面的疏通。黄河是中华民族的母亲河，但也是一条桀骜不驯的河流，经常泛滥成灾。大禹带领民众，沿着黄河的河道，一路挖掘淤泥，清除障碍物，加固堤坝。他们从积石山一直疏通到龙门山，黄河水在这里奔腾而下，气势磅礴。接着，黄河水向南流到华阴，向东经过砥柱山，大禹在这里巧妙地利用山势，开凿出了一条通道，使黄河水顺利通过。然后，黄河水又向东流到盟津，向东经过洛水入河口，一直到孟津，再向北经过降水，一直到大陆泽。在大陆泽，大禹将黄河水向北分成九条支流，九条支流会合后逆流入海，使黄河水得到了有效的治理。
从嶓冢山开始，大禹疏通漾水，漾水向东流成为汉水。汉水流域地势平坦，水患频发。大禹带领民众，开凿河道，拓宽河床，使汉水顺利向东流成为沧浪水，经过三澨，流入大别山，向南流入长江。接着，汉水向东汇聚成彭蠡泽，向东称北江，流入大海，为长江流域的水患治理做出了重要贡献。
从汶山开始，大禹疏通长江。长江是我国最长的河流，流域面积广阔，水患严重。大禹带领民众，沿着长江的河道，一路清除障碍物，开凿新的河道。他首先让长江向东分出支流成为沱江，缓解了长江的水势。然后，长江又向东流到醴水，经过九江，一直到东陵。在东陵，大禹指挥民众，将长江向东斜行北流，与彭蠡泽的水会合，向东称中江，流入大海，使长江流域的百姓得以安居乐业。
大禹疏通沇水，沇水向东流成为济水。济水河道狭窄，经常被泥沙堵塞。大禹带领民众，挖掘河道，拓宽河床，使济水顺利流入黄河。但黄河水势较大，济水流入黄河后，河水溢出成为荥泽。大禹又带领民众，在荥泽周围修筑堤坝，使荥泽成为一个稳定的湖泊。接着，济水向东流出陶丘的北面，又向东流到菏泽，又向东北与汶水会合，又向东北流入大海，为当地的农业灌溉和水运交通提供了便利
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